Стипендиатская программа Фонда им. Белля действует в  России с 1994 года. За это время почти 250 молодым ученым, занимающимся историей, социологией и правами человека была оказана поддержка в их научной работе. В разное время у нас было от 20 до 28 стипендиатов, получающих поддержку 12-18 месяцев. Для каждого набора стипендиатов проводилась недельная Летняя Школа, на которой стипендиаты выступали с докладами о своем исследовании, слушали лекции и участвовали в дискуссиях. Завершался период поддержки двухмесячной стажировкой в Германии для избранной группы стипендиатов.

До сих пор научная работа стипендиатов имела приоритетное значение, но в будущем стипендиатская программа будет скорее вкладом в подготовку молодых активистов для НПО и/или демократических политических организаций. Существующая в зачатке работа с бывшими стипендиатами, например на сайте и проведение отдельных семинаров, конференций и рабочих встреч, будет расширена. В отдельных частях программы (в особенности в Мемориале и гендерной программе Фонда) бывшие стипендиаты интегрированы в проектную работу. Петербургский Центр независимых социологических исследований регулярно оказывает поддержку Фонду, проводя научную экспертизу.